合伙经营争议说到底是一种合同纠纷，根据法律规定，处理这种纠纷的方法是多种多样的，既有司法性的，即由人民法院依照规定的程序进行审判，也有仲裁性的，即由仲裁机关依据法律进行仲裁，还有调解性的和合伙人之间协商性的。在诸种争议处理方式中，合伙人之间进行协商，或寻找一个对各方都能施加影响的人或单位进行调解，一般比较省事，也节省开支和时间，但如果争议较大，这类办法就难以根本解决问题。为此就需要采用诉讼或仲裁的办法最后解决争议。
采用诉讼或仲裁的办法解决争议程序比较复杂，特别是协议没规定仲裁的案件，当事人申请仲裁时仲裁机关不予受理。因此需要事前在合伙协议中规定纠纷解决方式，以便发生小的纠纷各合伙人之间能够平心静气地坐下来协商解决问题，一旦不能协商或调解解决的，及时谋求诉讼或仲裁的方式予以解决，以免长时间拖延给争议各方和企业造成大的损失。
规定争议解决方式一要规定争议发生时，各方如何进行协商，以什么态度解决争议，以及聘请什么样的人或单位进行调解；二要规定协商或调解不成的，是通过诉讼的方式，还是通过仲裁的方式进行最后解决。总之，规定争议的解决方式，既要尽快解决争议，避免造成损失，又要尽可能地不伤和气，以便尽可能地维护合伙经营关系。