首先，实践中确有应当申请注销而不申请注销的情况，但有关法律规范已经设定了救济途径。
根据《企业法人登记管理条例》、《中外合作经营企业法》、《中外合资经营企业法》、《中华人民共和国公司法》及《公司登记管理条例》的规定，公司因各种法定原因终止营业，应当在法定期间内向登记主管机关申请办理注销登记。实践中确有一些公司或其他法人单位因为种种原因而不主动申请或不在法定期间内申请的情况。对此，《企业法人登记管理条例》规定登记主管机关可以根据情况分别给予警告、罚款、没收非法所得、停业整顿、扣缴吊销《企业法人营业执照》的处罚。《企业法人登记管理条例施行细则》第六十六条规定企业登记主管机关可以责令限期办理注销登记，拒不办理的，处以三千元以下的罚款，并可以追究企业主管部门的责任。《中华人民共和国公司法》第一百九十七条规定，公司登记机关可以吊销公司营业执照，并予以公告。可见现行法律规范对不主动办理注销登记的公司及其他企业要赋予工商行政主管部门以直接注销权。
其次，工商行政主管部门行使直接注销权没有合法有效的规范依据。
根据法治行政原则，行政主体行使行政职权必须有合法有效的规范依据。但公司法等规范市场主体的法律，均没有授权工商行政主管部门直接注销经济实体的任何规定。
有一种观点认为，《企业法人登记管理条例》第二十二条的规定来看，工商行政管理部门行使直接注销权具有法规依据。《企业法人登记管理条例》第二十二条规定：“企业法人领取《企业法人营业执照》后，满六个月尚未开展经营活动或者停止经营活动满一年的，视同歇业，登记主管机关应当收缴《企业法人营业执照》、《企业法人营业执照》副本，收缴公章，并将注销情况告知开户银行。”对企业法人歇业应如何处理呢?该条例第二十条规定：“企业法人歇业、被撤消、宣告破产或者因其他原因终止营业，应当向登记主管机关办理注销登记。”这里的向登记主管机关办理注销登记，显然不能理解为登记主管机关以职权直接注销。因为该条例第二十一条对企业法人办理注销登记的具体程序作了明确规定：“企业法人办理注销登记，应当提交法定代表人签署的申请注销登记报告、主管部门或者审批机关的批准文件、清理债务完结的证明或者清算组织负责清理债权债务的文件，经登记主管机关核准后，收缴《企业法人营业执照》、《企业法人营业执照》副本，收缴公章，并将注销登记情况告知其开户银行。”可见，从《企业法人登记管理条例》中无论如何也得不出授权登记主管机关直接注销企业法人的权力的。
还有人将国家工商局《关于企业注销登记有关问题的答复》(国家工商局工商企字(1995)第107号)作为登记主管机关拥有直接注销权的根据。该答复第三条规定：“企业法人领取营业执照后，满六个月尚未开展经营活动或者停止经营活动满一年的，原登记机关可以依据《条例》第二十二条的规定，直接作出注销登记的决定，收缴营业执照和公章，并将注销登记情况告知其开户银行。”
笔者认为，上述答复不能成为登记主管机关拥有直接注销权的合法有效的根据。理由是：其一，如前所述，《企业法人登记管理条例》并没有赋予登记主管机关直接注销企业法人的权力，因而不能成为该答复的根据;其二，根据行政法原则，任何组织都不能给自己设定职权，国家工商局的上述答复事实上是在自己给自己设定职权。
再次，从公司法的原理看，登记主管机关不应当拥有直接注销权。
赋予登记主管机关以直接注销权，在某一个经济实体的债权债务尚未了结，甚至尚未进行清算的时候，就终结其生命，其后事如何了结?交易安全如何保证?之所以国内外公司法均不赋予登记主管机关以直接注销权，即使在公司实施有违法行为的情况下也不例外，在很大程度上是基于以下几个方面的考虑：一是对于违法的公司可以先通过关闭、吊销营业执照、解散等手段限制其行为能力或权利能力，等清算结束、债权债务了结之后再办理注销事宜，既可以保护交易安全，又可以制裁违法行为;二是避免使国家在公司被注销之后由国家收拾“乱摊子”，即是说，对于经济实体，必须在它了结“后事”之后，才能让它寿终正寝。可见即使从正当性看，也不应当赋予登记主管机关以直接注销权。